После начала Великой Отечественной войны перед руководством Кировского завода была поставлена задача максимально увеличить выпуск танков КВ. Под руководством Котина конструкторы СКБ-2 проделали  огромную работу по упрощению конструкции и технологии изготовления необходимых фронту боевых машин. Несмотря на многочисленные трудности, задача была выполнена: выпуск танков КВ по сравнению с довоенным периодом вырос более чем вдвое. За выдающиеся заслуги в создании и освоении производства тяжёлых танков в трудных условиях военного времени Указом Президиума Верховного Совета СССР Жозефу Котину было присвоено звание Героя Социалистического Труда с вручением ордена Ленина и золотой медали «Серп и Молот».

Под руководством Котина, в течение войны челябинский завод выпустил более 18 тысяч танков и самоходных установок, свыше 50 боевых машин, среди которых знаменитый тяжёлый танк ИС-2, танки-призраки и другие «крепости из металла».

Наряду с боевыми машинами конструкторский коллектив, которым руководил Котин, разрабатывал и машины для народного хозяйства, такие как гусеничный трелёвочный трактор КТ-12, гусеничная машина «Пингвин» для арктических экспедиций и мощный колёсный трактор «Кировец», получивший широкое распространение в сельском хозяйстве и промышленности.

Кроме таланта конструктора был отличным организатором, и талантливым наставником.  Благодаря этому раскрылся творческий потенциал целой плеяды выдающихся советских конструкторов танков и самоходных артиллерийских установок, работавших под его началом: А.С. Ермолаева, Н.Л. Духова, Л.С. Троянова, Н.Ф. Шашмурина, Г.Н. Москвина и многих других.

В январе 1968 года Котин стал заместителем министра оборонной промышленности СССР, а с 1972 года и до последних дней жизни был членом Научно-технического совета Министерства оборонной промышленности СССР.

Научные труды Жозефа Яковлевича были оценены множеством почетных наград: рядом Сталинских премий, несколькими орденами Ленина, орденами Красной Звезды, орденом Отечественной войны I степени, орденами Суворова I и II степени.

Юбилей Жозефа Яковлевича Котина широко празднуется в рамках Десятилетия науки и технологий, объявленном Президентом России Владимиром Путиным с 2022 по 2031 год, так как основной задачей Десятилетия является усиление роли науки и технологий и рост знания людей о достижениях наших ученых.